阿斯特拉罕市位于俄罗斯欧洲部分的南部。阿斯特拉罕是阿斯特拉罕州的行政中心，下伏尔加河和滨海边疆区最古老的经济和文化中心，被列入俄罗斯历史城市名单。莫斯科的公路距离是1400公里。从阿斯特拉罕飞往莫斯科可以在2小时内到达。阿斯特拉罕有着丰富的历史和传统。热情好客、慷慨和俄罗斯灵魂的广度在这里感受到尤为鲜明。国家美食融合了东方和西方最好的美食传统阿斯特拉罕居住着超过173个民族，14个宗教派别和平共处，17个民族文化协会和155个社会协会。

早在1712年，著名数学家、哲学家莱布尼茨就曾给彼得一世写信表明“应该关注莫斯科、圣彼得堡、阿斯特拉罕和基辅的教育工作，特别是高等教育和基础教育”。在阿斯特拉罕建立高等医学教育机构的想法很早就在阿斯特拉罕市民中产生了。阿斯特拉罕位于连接高加索与乌拉尔、里海与波罗的海、俄罗斯中部地区与亚洲和中东的水陆贸易道路的十字路口，在长久封建时期里一直都是霍乱、天花和鼠疫等毁灭性传染病侵害欧亚两洲的门户要道。故阿斯特拉罕地区亟需高度专业的医疗人员。

1918年11月7日，阿斯特拉罕边疆区大学正式开学；

1919年3月21日，校内开设医学系；

1922年3月1日，阿斯特拉罕边疆区大学更名为阿斯特拉罕医学院。医学院在1923年迎来了首届共23名毕业生的毕业典礼。值得一提的是，1922年6月在阿斯特拉罕爆发了霍乱，在紧急情况下医学院的师生被临时召集并开展了一场为期四个月的抗击霍乱的斗争。其中一年级和二年级的学生负责卫生消毒，三年级学生负责护理工作，四年级的学生作为医生为患者进行治疗。1941年7月初，医学院的宿舍被移交给医院，学院内各部门人员都被分配到各个地方协助防御。1942年7月11日，毕业于医学院的Л.Е.卡尔希娜被任命为阿斯特拉罕医学院的院长，她是第一位被授予教授头衔的女性，也是战时医院唯一一位女院长。

直至1945年5月9日战争胜利，阿斯特拉罕医学院做出了如燃烧瓶之类的武器研发、医务人员的培养等巨大贡献。整个战争期间，阿斯特拉罕医学院为前线和后方输送了约1000名医生。

1958年，俄罗斯联邦苏维埃社会主义共和国理事会将“最高苏维埃主席团荣誉证书”授予给阿斯特拉罕医学院。

1976年，该校被授予一等大学

1986年，该校搬到如今的校园地址

1995年7月20日，阿斯特拉罕国立医学院改名为阿斯特拉罕国立医学科学院。