库班国立医科大学的历史可追溯到1920年，当时正值俄罗斯内战时期。俄罗斯南部作为内战的最后战场之一，民众对和平生活的渴望愈发强烈。在这样的历史背景下，1920年7月，库班地区公共教育部决定成立库班大学，并设立医学、自然和社会历史系。经过苏维埃联邦社会主义共和国教育人民委员的批准，同年8月9日开始招生。医学系首年招生424人，其中包括29名在战争期间未完成学业的普通医生；自然系招生843人；社会历史系招生550人。

在1920年，一些不愿或无法离开祖国的俄罗斯著名医学家，因跟随白军南下而抵达库班。鉴于当地人口死亡率高，以及严重疾病（如伤寒、沙眼、疟疾、地方性甲状腺肿）的广泛传播，建立一个医疗中心变得至关重要。此时，一群在叶卡捷琳堡接受过人道主义教育的俄罗斯医生，开始积极参与改善当地居民健康状况的工作。

医学院的首任院长、库班医学院的创始人，即著名病理学家尼古拉·费多托维奇·梅尔尼科夫-拉兹韦坚科夫教授（1866-1937年）。他于1889年从莫斯科大学医学院毕业，并在莫斯科大学（1889-1901年）和哈尔科夫大学（1901-1919年）继续他的科研生涯。早在俄国革命之前，他就因发现保存解剖制剂的天然色素的方法而荣获巴黎科学院奖（1897年）。梅尔尼科夫-拉兹维坚科夫教授的独特方法甚至被用于列宁的遗体防腐。在库班国立医科大学，他担任病理解剖学和法医学系的系主任。

伊万-格里戈里耶维奇-舍甫琴科（Иван Григорьевич Савченко，1862-1932 年）是一位卓越的微生物学家，他不仅在普通病理学系的创立中发挥了关键作用，还进一步推动了病理生理学系和微生物学系的诞生。舍甫琴科毕业于基辅大学医学院，拥有丰富的组织研究经验。在1893年，他与D.K.萨博洛特尼合作，通过实证研究证明了霍乱疫苗在预防霍乱方面的有效性。他在喀山和克拉斯诺达尔分别建立了细菌研究所，这些研究所的活动对库班地区战胜疟疾起到了决定性的作用。舍甫琴科还是北高加索地区的第一位教授，并在1928年荣获俄罗斯苏维埃联邦社会主义共和国荣誉科学家称号。

尼古拉-尼古拉耶维奇-彼得罗夫（Николай Николаевич Петров，1876-1964 年）教授是一位著名的肿瘤外科专家，他1889年毕业于军事医学院，并在克拉斯诺达尔有过短暂的任教经历。回到列宁格勒后，他在1926年创建了肿瘤研究所，并在肿瘤学领域建立了一套完整的诊疗工作系统。彼得罗夫还在《库班科学和医学公报》上发表了多篇关于医学伦理的深刻文章，并首次将“医学伦理学（деонтология）”这一概念引入医学专业环境。

斯米尔诺夫（А.И. Смирнов）是伟大科学家巴甫洛夫（И.П. Павлов）的得意门生，他不仅是库班的第一位生理学家，还是农业医学院和师范学院生理学系的创始人。解剖学系主任是马利诺夫斯基（К.Н. Малиновский）教授，而组织学系主任是鲁巴什金（В.Я. Рубашкин），他后来成为了苏联杰出的组织学家，并撰写了详尽的《人体组织学和组织发生学基础》手册。妇产科系的创始人是Д.О.奥特，她曾担任圣彼得堡波维瓦尔研究所（1893年）和妇女医学研究所（1899年）的所长，并且是俄罗斯和外国多个妇科协会的成员。药理学系主任是杰出的科学家和教育家奥罗洛夫П.П. Авроров教授，他在30年代先后担任过研究所的副所长和所长。

这些杰出的医生和科学家是在艰苦条件下，克服严重资源匮乏，使高等医学院校在库班地区得以存在的部分代表人物。

1920年9月5日，在革命委员会代表与第九军（工农红军）司令部的共同见证下，库班国立医学院庄严开学。医学院卫生学教师阿波罗-安德列耶维奇-茨维塔耶夫发表了题为“从卫生学家的角度看劳动生活”的学术演讲，这不仅是对毕业于喀山大学、出版过66部著作、受过广泛教育、善于组织的A.A.茨维塔耶夫博士的致敬，也是对预防在医生工作中优先地位的认可，以及对医学界积极参与改善居民生活方式的呼吁。

1928年，考虑到第九军在建立大学和医学系中的重要作用，学校被授予以“红军”命名的荣誉，该名称一直沿用至1994年。

在卫国战争期间，学院曾两次撤离，第一次至埃里温（1941年11月至1942年4月），第二次则历经索契、埃里温、巴库、库比舍夫，最终抵达秋明（1942年8月至1943年11月）。在艰苦的战时条件下，库班医学院仍坚持培训医务人员，1943年仍有38名医生毕业。1941年有847名医生毕业，其中部分提前毕业（几乎是和平时期的三倍），1942年则有438名医生毕业。这些毕业典礼被称为“近卫军毕业典礼”，因为几乎所有年轻的专家都被派往前线。

战后，新生入学率有所提升，大学获得了建立答辩委员会的资格，并恢复了科学著作的定期出版。至1958年1月1日，该学院已有1680名学生和184名教师（包括19名教授、26名副教授、16名高级讲师和109名助教），其中19人拥有博士学位，66人拥有副博士学位。

1961年，学院开始招收国际学生。至20世纪末，学院已招收了来自保加利亚、德国、哥伦比亚、埃塞俄比亚、黎巴嫩、叙利亚和印度等国家约1000名国际学生，这一传统至今仍在继续。

1989年，该学院成立了一所附中，后于1992年更名为大学预科培训系。

1994年，作为1990年代改革的一部分，医学院更名为库班国立医学研究所。

至1995年3月1日，该学院的医学系、儿科系和口腔医学系共有3573名公费生和1048名自费生（包括662名外国学生）。高等护理教育学院有153名学生，阿迪格斯克分院有136名学生。学院设有58个教研室和3个课程，包括医生进修培训学院的10个教研室和2个课程。教研室和课程负责人中有44名博士和16名副博士。校内约有600名教师，其中65名拥有博士学位，330名拥有副博士学位。

至21世纪初，约有3500名学生在库班国立医学院各系和分院学习。在470名专职教师中，有75名博士和248名副博士。学院拥有4栋宿舍楼，可容纳1500人，主教学楼内设有食堂。

在此时期，社会各领域新兴财产关系显现，学院与医疗机构间利益冲突亦随之产生。得益于地区政府的坚定支持，学院在城乡医疗机构基础上持续推进学生培养工作。经过九十年代的艰难挑战，学院成功蜕变，于2005年正式更名为库班国立医科大学。多年来，库班国立医科大学已累计培育出约四万名医生，他们的足迹遍布克拉斯诺达尔地区的各个医疗机构，甚至在俄罗斯所有地区甚至世界各大洲都能见到他们的身影。